Geplaatst op 4 juni 2019 door: Mednet Redactie | 0 reacties |

Afweer ontrafeld middels tekstmining en machine learning

Afweer ontrafeld middels tekstmining en machine learning

Voor de eerst keer is met een geautomatiseerde software-infrastructuur uit duizenden documenten relevante informatie verzameld en gestructureerd, bedoeld om inzicht te krijgen in de causale relaties tussen genen, eiwitten en processen die betrokken zijn bij de afweer tijdens de vroege levensfasen. Daarbij maakten de Nederlandse onderzoekers gebruik van een tool voor tekstmining en machine learning.

Tijdens de eerste drie levensjaren worden de fundamenten voor een levenslange immunologische homeostase gelegd. De informatie over de mechanismen die betrokken zijn bij een gezonde afweer gedurende de vroege levensfasen, is echter verspreid over duizenden artikelen.

Geautomatiseerde software-infrastructuur

De onderzoekers maakten gebruik van Integrated Network and Dynamical Reasoning Assembler (INDRA), een geautomatiseerde software-infrastructuur met hulpprogramma’s voor teksmining en machine learning tools, bedoeld om informatie over causale mechanismen te verzamelen en te structureren.

Bij textmining wordt middels ICT-technieken uit grote hoeveelheden tekstmateriaal waardevolle informatie verkregen. Het doel van INDRA is om immunologische netwerken van het vroege leven in kaart te brengen. Zodoende kan aan het licht komen in welke perioden de afweer vatbaar is voor een vroegtijdige immunologische priming.

Aanknopingspunten voor interventies

Van de 2.966 geselecteerde artikelen vonden de onderzoekers na screening 829 stuks relevant. Deze publicaties werden verdeeld op basis van zes ontwikkelingsperioden van de afweer: het eerste, tweede en derde trimester van de zwangerschap, de geboorte, de eerste 28 dagen postpartum en de periode als baby (1-24 maanden).

Middels het INDRA-platform voor tekstmining werden de volledige teksten computationeel toegankelijk gemaakt. Daarbij werden relevante entiteiten, zoals genen, eiwitten, metabolieten, processen en ziekten, geïdentificeerd en relaties tussen deze entiteiten geëxtraheerd. Ten slotte werden door INDRA alle relaties samengevoegd in zes causale netwerken binnen de afweer tijdens de vroege levensfase. Deze kennis biedt aanknopingspunten voor interventies om de gezondheid van de afweer tijdens de vroege levensfasen te verbeteren.

Bron:
van Bilsen J. Seeking early-life windows of opportunity to shape lifelong immune health through text mining. EAACI Meeting 2019, abstract LBTP1909.
 

Reacties (0)




(Advertentie)