Door het complete metagenoom te analyseren, is het mogelijk de oorzaak van een virusinfectie te achterhalen. Het LUMC heeft als eerste in Nederland een expertiselab dat dergelijke analyses uitvoert in het kader van patiëntenzorg. Ellen Carbo promoveerde onlangs op dit onderwerp.
Bij patiënten met een ernstige infectie is het belangrijk de boosdoener te achterhalen om vervolgens een adequate therapie te kunnen inzetten. Het komt echter regelmatig voor dat die nooit wordt gevonden.
Onderzoekers van het LUMC hebben nu een methode opgezet om alle mogelijke virussen in 1 keer aan te tonen, inclusief nieuwe virussen. Moleculair bioloog/bioinformaticus Ellen Carbo heeft de techniek geoptimaliseerd en geschikt gemaakt voor patiëntendiagnostiek.
De onderzoekers maken gebruik van het metagenoom van patiënten gewonnen uit bijvoorbeeld bloed of hersenvocht, afhankelijk van het ziektebeeld. Dat metagenoom bestaat dus niet alleen uit erfelijk materiaal van de patiënt zelf maar ook uit dat van bacteriën en virussen die iemand bij zich draagt.
Door het metagenoom in zijn geheel te sequencen, kan ook alle informatie over de aanwezige virussen worden verkregen. Daarbij gebruiken ze bestaande software voor virusdetectie die verder is verfijnd en gevoeliger is gemaakt. De test biedt nu voor 90 tot 95% zekerheid.
Bron: